Планирую обновится с 3.4 до IPS 4. Скажите пожалуйста, какой порядок действий и есть ли нюансы на которые стоит обратить внимание? Я так понимаю нужно залить новый движок поверх старого, запустить обновление и все?

Да. Только естественно предварительно сделав дамп и БД и копию файлов.

Я обычно делаю так: копирую полностью папку, кроме поддиректории /uploads. И делаю дамп. Обновляю, если что-то пошло не так и форум встал - тогда возвращаю папки обратно и разбираюсь с причиной. Это если надолго.