Ранее мне на сайт в корневую папку залили php файл с закодированным кодом, более того умудрились изменить index.

В общем я это дело поправил, но, теперь в кукисах стали появляться подозрительные строчки, периодично.

Кто сталкивался с аналогичным?

Куки itemMarking_%app% используются для отслеживания прочитанного контента. Данные в них хранятся в сжатом виде закодированные в base64. Ничего подозрительного в этих строчках нету.