Если вместо стандартных комментов поставить от ВК, то при добавлении комментария, счетчик в Article Templates будет показывать 0, понятно что он не берет их из плагина так как не настроен, как это возможно сделать?

Наверное только с помощью api вконтакте. Смотрите документацию и ищите информацию в интернете.