Возможно ли обновить jQuery до актуальной версии, или поставить как то параллельно 2 версии, чтобы скрипты не конфликтовали.

 

При подключении новой версии jquery отваливается некий prototype.js и вместе с ним пол сайта

В третьей версии не используется jquery, следовательно там можно установить любую версию, главное при подключение указать режим noConflict с другими библиотеками.

Не подскажите, как корректно указать noconflict?

Это нужно делать в самом скрипте, использующем jquery, или же можно где то один раз его указать?

На форуме есть несколько тем про noConflict, также ссылка на страницу с подробным описанием.