Версия форума 2.3.5, уведомления о новом ответе на подписавшеюся тему, о новом сообщении в ПМ, приходят на почту в раздел спам, в чём может быть проблема?

В фильтрах для отлова спама и в вашем почтовом адресе, который часто массово что-то рассылает.

IPB тут не виноват.

как можно исправить эту проблему? вроде спамом не занимаюсь)

 

а может это зависеть от того, что на форуме регистрируются спам боты, и соответственно с этого мыла им приходит письмо с приветствием?

Э.. Смените форумное мыло например.

Следите за спамботами.