В общем, решил обновить движок, залил все файлы, стал выставлять переменные (права доступа) и после установки на папку cache она исчезла, ну при копировании по новому, пишет не возможно скопировать, и как будто она уже существует, как решить проблему?

А откуда права давали? У меня было такое с filezilla (FTP браузер). Зашел с браузера хостинга все поправилось.