У вас есть дополнительный сервер? Эти операции очень дорогие в плане ресурсов сервера.
Вообще как вижу тут нужно ставить утилиту Rsync, или иные утилиты для резервного копирования\восстановления и настроить её выполнение через Планировщик заданий.
Может конечно есть какие-то иные более изящные способы, по-хорошему спросить ещё на форуме ISPManager.